O Melt-Banana começou suas atividades em 1991, embora só decidissem seu nome em 1993. A formação original tinha a vocalista e baixista Yako, Agata na guitarra, baxista Rika mm’ e Toshiaki Sudoh na bateria, que saiu em 1997. A banda tem tido vários bateristas suporte, mas seu baterista atual é Oshima.
Seu primeiro álbum foi gravado por Steve Albini no seu velho estúdio em Chicago. Este foi a verdadeira incursão da banda tanto na cena musical japonesa como no exterior. Depois da gravação, tiveram um show em Chicago no Lounge Ax, que, além de ter sido seu primeiro show nos EUA, foi muito bem recebido pela audiência local.
O segundo álbum também foi gravado por Albini e mixado por Jim O’Rourke em Chicago, e mais tarde a banda excursionou com o Mr.Bungle. De acordo com a vocalista Yako, aquela foi uma grande experiência para a banda, já que permitiu a eles verem e conversarem com músicos talentosos toda noite e também tocar para um enorme público.
O verão de 2003 viu o Melt-Banana na sua oitava turnê norte-americana, MELT-BANANA “CELL-SCAPE” US Tour 2003. Durante esta turnê, em 3 de julho, a banda lançou seu quinto álbum, cell-scape, pela A-ZAP Records. Assim como seus dois últimos álbuns, ele foi gravado em Tóquio e produzido pelo próprio Melt-Banana.
Em seguida começaram a quarta turnê pela Europa, MELT-BANANA “cell-scape” Euro tour. Durante essa turnê, a banda tocou com um de seus bateristas favoritos, Dave Witte do Burnt by the Sun. Com freqüência, quando o Melt-Banana excursiona pela Europa e vão ao Reino Unido, eles são convidados ao Media Vale Studio para aparecer no John Peel show. Até sua quarta turnê européia, eles haviam lançado quatro álbuns e mais um disco reeditado de um lançamento em fita cassete, um álbum ao vivo, dezenove EPs e também participado de muitas compilações.
Desde então, o Melt-Banana se manteve ativo, lançando álbuns e se ocupando em atividades no exterior. Em maio de 2005, a banda lançou uma impressionante coleção de singles com 56 faixas chamada 13 Hedgehogs. Naquele inverno, eles excursionaram pela Europa, tocando na Alemanha, Holanda, Dinamarca, Suécia e Áustria durante sua turnê The 13 Hedgehogs Europe Tour 2005.
2007 foi um ótimo ano e trouxe novas músicas aos fãs, quando em abril o sexto álbum da banda, Bambi’s Dilemma, começou a ser vendido. De outubro a dezembro eles retornaram aos Estados Unidos e se apresentaram por todo o país na sua turnê Bambi’s Revenge Tour USA 2007.
Em abril de 2008, o Melt-Banana fez uma pequena turnê pelos Estados Unidos novamente, desta vez com Lou Reed, e também se aventuraram pelo México para um show único na Cidade do México. Em junho, a banda embarcou na turnê Bambi’s Dilemma Tour Europe 2008, que os levará a nove países europeus. Os fãs podem esperar por mais shows e músicas vindas desta banda inacreditável, agora em seu décimo oitavo ano e evidentemente ainda seguindo em frente e crescendo.