Miki ja Ujuan tapasivat toisensa studiolla Kawasakissa 1998. Molempien yhtyeen olivat juuri lopettaneet ja siispä kaksikko oli valmis aloittamaan yhteisen aktin. Yukin liityttyä vahvistukseksi oli projekti valmis todelliseen yritykseen ja näin Guitar Vader oli muodostunut. Levy-yhtiö Berry Records julkaisi heidän ensimmäisen albuminsa, Die Happyn, vuonna 1999. Levytys yhdisti kaksi aiempaa demonauhoitusta yhdeksi kokonaisuudeksi lisättyjen viiden uuden raidan kanssa.
Yuki erosi Guitar Vaderin matkasta toisen albumin julkaisun ollessa käsillä. Tästä huolimatta tie menestykseen oli jo avoin, eikä takaisku lannistanut yhtyeen motivaatiota. Kappaleet Super brothers ja Magical Girl päätyivät Sega Dreamcast -konsolin omaperäiseen pelinimikkeeseen Jet Set Radioon. Soundtrack toi nimen tutuksi nyt myös länsimaiselle yleisölle.
Vuonna 2001 ilmestynyt, edellä mainitun pelin jatko-osana toiminut Jet Set Radio Future nojasi Microsoftin X-Boxiin ja näin ollen Guitar Vaderin palatessa soundtrackille oli heille luvassa entistäkin laajempi menestys. Samana vuonna he julkaisivat varsinaisten levytyksien muodossa remix-julkaisun sekä uuden täysipituisen albumin. Lisäksi rumpali Suzuki liittyi ryhmään uutena jäsenenä.
Pitkän tauon jälkeen Guitar Vader oli valmis palaamaan musiikkimaailmaan, tällä kertaa oman levy-yhtiönsä suojissa. Uuden albumin valmistuttua he kiersivät Iso-Britanniaa. Amerikkalainen kosketinsoittaja Steve Laity liittyi heidän mukaansa sessiomuusikoksi.
Viimeisen julkaisu sijoittuu vuoteen 2004 ja kaikesta päätellen yhtye oli vaipunut jälleen jonkinlaiseen taukotilaan, vaikkei mitään virallista ollutkaan ilmoitettu. Jotakin tapahtui keväällä 2006: heidän oli tarkoitus esiintyä amerikkalaisessa Fanime-tapahtumassa, mutta yhtye joutui perumaan saapumisensa Ujuanin sairastumisen johdosta. Tästä huolimatta he vakuuttelivat uuden levyn olevan jo tuloillaan ja keikkojakin ilmaantuisi basistin kuntouduttua.